หมู่บ้านโปรตุเกส ตั้งอยู่ที่ตำบลสำเภาล่ม บริเวณริมฝั่งแม่น้ำเจ้าพระยา ทางทิศตะวันตก อยู่ทางใต้ของตัวเมือง ชาวโปรตุเกส เป็นชาวยุโรปชาติแรก ที่เข้ามาติดต่อค้าขายกับ กรุงศรีอยุธยาเมื่อปีพ.ศ. ๒๐๕๔ โดยอัลฟองโซ เดอ อัลบูเคอร์ก ผู้สำเร็จราชการของโปรตุเกส ประจำเอเซีย ได้ส่งนายดูอาร์เต้ เฟอร์นันเดส เป็นทูตเข้ามาเจริญสัมพันธไมตรี กับสมเด็จพระรามาธิบดีที่ ๒ แห่งกรุงศรีอยุธยา ชาวโปรตุเกสเข้ามาตั้งหลักแหล่งค้าขาย และเป็นทหารอาสาในกองทัพกรุงศรีอยุธยา สร้างโบสถ์ขึ้น เพื่อเผยแพร่ศาสนา และเป็นศูนย์กลางของชุมชน ปัจจุบันบริเวณนี้ยังมีร่องรอย ซากสิ่งก่อสร้างปรากฏ ให้เห็นคือ โบราณสถานซานเปโตร หรือเรียกในสมัยอยุธยาว่าโบสถ์เซนต์โดมินิค เป็นโบสถ์ในคณะโดมินิกัน นับเป็นโบสถ์แห่งแรก ที่สร้างขึ้นในแผ่นดินไทยเมื่อปีพ.ศ. ๒๐๘๓ ตั้งอยู่ในบริเวณเกือบกึ่งกลาง หมู่บ้านโปรตุเกส มีเนื้อที่ประมาณ ๒,๔๐๐ ตารางเมตร ยาวตามแนวทิศตะวันออก ไปตะวันตกหันหน้าสู่แม่น้ำเจ้าพระยา ตัวอาคารแบ่งออกเป็นสามส่วน คือ ส่วนหน้าเป็นสุสาน ของชาวคาทอลิคคณะโดมินิกัน ส่วนกลางใช้ประกอบพิธีทางศาสนา และฝังศพบาทหลวง ส่วนในด้านหลังเ และด้านข้างเป็นที่พักอาศัย และมีการขุดค้นพบโบราณวัตถุ ที่สำคัญได้แก่ โครงกระดูกมนุษย์ กล้องยาสูบ เหรียญกษาปณ์ เครื่องปั้นดินเผา เครื่องประดับกำไลแก้ว และเครื่องประกอบพิธีทางศาสนาเช่น ไม้กางเขน เหรียญรูปเคารพในศาสนา ลูกประคำ
ในส่วนของสุสาน พบโครงกระดูกจำนวนมากมายถึง ๒๕๔ โครง ฝังเรียงรายอย่างเป็นระเบียบ และทับซ้อนกันหนาแน่น ทั้งภายในและภายนอกอาคาร จากแนวโครงกระดูก ที่พบแบ่งขอบเขตสุสานออกเป็น ๓ ส่วน ส่วนในสุดกลางตัวอาคาร ที่เป็นฐานโบสถ์ อาจเป็นโครงกระดูก ของบาทหลวงหรือนักบวช ถัดมาส่วนที่สองส่วนนี้ อาจเป็นผู้มีฐานะทางสังคม ในค่ายโปรตุเกสสูงกว่าคนธรรมดาทั่วไป ส่วนที่สามนอกแนวฐานโบสถ์ มีการฝังซ้อนกันมากถึง ๓-๔ โครง โครงกระดูกเหล่านี้ มีทั้งที่อยู่ในสภาพสมบูรณ์และบางส่วนชำรุด จากหลักฐานเอกสารประวัติศาสตร์ กล่าวถึงการเกิดโรคระบาดร้ายแรง ในปลายแผ่นดินพระเพทราชา เมื่อปีพ.ศ. ๒๒๓๙ มีผู้คนล้มตายมาก และในปีพ.ศ. ๒๒๕๕ ในสมัยพระเจ้าอยู่หัวท้ายสระ ก็เกิดโรคระบาดอีกครั้ง มีผู้คนล้มตายมาก อาจเป็นเหตุให้มีการขยายสุสานออกมาจากเดิม