วัดสมณโกศ สันนิษฐานว่า สร้างในสมัยอยุธยาตอนต้น และปฏิสังขรณ์ขึ้นใหม่ ในสมัยอยุธยาตอนปลาย โดยเจ้าพระยาโกษา(เหล็ก) และเจ้าพระยาโกษา(ปาน) อาจเป็นในช่วงสมัยของ สมเด็จพระนารายณ์มหาราช “ในจดหมายเหตุของแกมเฟอร์ แพทย์ชาวเยอรมัน ที่ทำงานในบริษัทอีสต์อินเดีย ของฮอลันดาเดินทางเข้ามากรุงศรีอยุธยา เมื่อ พ.ศ. ๒๒๓๓ ในรัชกาลสมเด็จพระเพทราชา ได้บันทึกไว้ว่า ห่างจากตัวเมือง ไปทางตะวันออก มีวัดที่มีชื่อเสียงแห่งหนึ่งเรียกว่า วัดพระยาคลัง แผนผังที่นายแกมเฟอร์ เขียนประกอบไว้ปรากฏว่า เป็นวัดสมณโกฎฐาราม และวัดกุฎีดาว และยังระบุว่า สมเด็จพระเพทราชา ได้เสด็จไปที่วัดนี้เพื่อราชทานเพลิงศพ เจ้าแม่ดุสิต ซึ่งเป็นมารดาของเจ้าพระยาโกษา (เหล็ก) และเจ้าพระยาโกษา (ปาน) และยังเป็นพระแม่นม ของสมเด็จพระนารายณ์มหาราช เมื่อ พ.ศ. ๒๒๓๓” สิ่งที่น่าสนใจภายในวัดได้แก่ พระอุโบสถ เป็นพระอุโบสถ สมัยอยุธยาก่ออิฐถือปูน มีประตูเข้าออกทางด้านข้าง ๔ ด้าน ภายในพระอุโบสถ มีหลังคาต่อเป็นโครงไม้แบบหน้าจั่ว ประดิษฐานพระประธาน กว้างประมาณ ๓.๕ เมตร ทางด้านทิศตะวันออกมีวิหารขนาดใหญ่ วัดนี้มี พระปรางค์ องค์ใหญ่รูปทรงสัณฐาน แปลกตากว่าแห่งอื่นเข้าใจว่าเลียนแบบ เจดีย์เจ็ดยอดของเชียงใหม่ เป็นพระปรางค์ ที่สร้างบนเจดีย์องค์เดิม มีมุขยื่นออกไปทางทิศตะวันออก มีบันไดทางขึ้นสู่ลานประทักษิณ ๒ ทาง สันนิษฐานว่า พระปรางค์องค์นี้สร้างขึ้น ในราวสมัยอยุธยาตอนกลาง นอกจากนี้ยังมี เจดีย์ระฆัง ขนาดใหญ่ตั้งอยู่ ระหว่างพระปรางค์และพระอุโบสถ สันนิษฐานว่าน่าจะมีมาแต่แรกเริ่ม การสร้างวัดตามลักษณะ ของเจดีย์และลวดลาย ที่ประดับอยู่บนบัลลังก์ ซึ่งโบราณสถานเหล่านี้ ได้สร้างทับรากฐานอาคารเดิม อันเป็นงานที่สร้างขึ้นในสมัยอยุธยาตอนต้น