วัดพระเมรุ ตั้งอยู่ริมถนนเพชรเกษม บริเวณสวนอนันทอุทยาน ตำบลห้วยจระเข้ ห่างจากพระปฐมเจดีย์ไปทางทิศใต้ไม่ไกลนัก วัดนี้เป็นวัดร้างปัจจุบันสภาพที่เห็นเหลือแต่ซากเนินใหญ่ปรากฏอยู่เนินหนึ่ง วัตถุที่ค้นพบบริเวณนี้มีพระพุทธรูปสัมฤทธิ์ พระกร พระเพลา พระหัตถ์ของพระพุทธรูปศิลา เทพยักษ์ เทพสิงห์ดอกบัว และลวดลายประดับองค์พระเจดีย์ที่หักพังลง บางส่วนนำไปไว้ในพิพิธภัณฑ์องค์พระปฐมเจดีย์ และบางส่วนไว้ที่พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ เจ้าสามพระยาและพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ พระนคร ในสมัยรัชกาลที่ ๖ สมเด็จฯ กรมพระยาดำรงราชานุภาพได้นำพระบาทขนาดโต ๒ คู่จากวัดพระเมรุมาไว้ตรงชั้นนอกพระระเบียงองค์พระปฐมเจดีย์ และกรมศิลปากรได้ร่วมมือกับนักโบราณคดีฝรั่งเศสทำการขุดค้นเมื่อพ.ศ.๒๔๘๒ ค้นพบวัตถุซึ่งสันนิษฐานว่าเป็นพระเจดีย์องค์มหึมาก่อเป็นชั้นๆ ย่อมุมขึ้นไปสูงมากเพราะซากฐานที่หักพังเหลืออยู่ในขณะที่ทำการขุดสูงถึง ๑๒ เมตร มีซุ้มประดิษฐานพระพุทธรูปศิลานั่งห้อยพระบาทประจำ ๔ ทิศและได้อัญเชิญพระพุทธรูปศิลาองค์นี้มาประดิษฐานไว้ที่วัดพระปฐมเจดีย์ สันนิษฐานว่า สร้างตั้งแต่สมัยทวาราวดีมีอายุเท่ากับพระปฐมเจดีย์เดิม ซึ่งไม่น้อยกว่า ๑,๐๐๐ ปี ขึ้นไป