วัดพระปฐมเจดีย์ราชวรวิหาร เป็นพระอารามหลวงชั้นเอก ชนิดราชวรมหาวิหาร เป็นที่ประดิษฐาน องค์พระปฐมเจดีย์ซึ่งถือว่า เป็นพระสถูปเจดีย์ที่มีขนาดใหญ่ที่สุดในประเทศไทย จังหวัดนครปฐมได้ใช้พระปฐมเจดีย์เป็นตราประจำจังหวัด
พระปฐมเจดีย์ที่เห็นอยู่ในปัจจุบันนี้เป็นองค์ที่สร้างขึ้นในสมัยรัชกาลที่ ๔ เมื่อพ.ศ. ๒๓๙๖ โดยโปรดเกล้าฯ ให้สร้างครอบพระเจดีย์องค์เดิมซึ่งเป็นเจดีย์เก่าแก่ มีฐานแบบโอคว่ำและมียอดปรางค์อยู่ข้างบน สันนิษฐานว่ามีอายุอยู่ในตอนต้นพุทธศตวรรษที่ ๔ เนื่องจากรูปร่างของเจดีย์แบบโอคว่ำ มีลักษณะคล้ายกับสาญจีเจดีย์ในอินเดียซึ่งสร้างสมัยพระเจ้าอโศกมหาราช การก่อสร้างเจดีย์ครอบองค์ใหม่เสร็จเรียบร้อยในสมัยรัชกาลที่ ๕ เมื่อพ.ศ. ๒๔๑๓ รวมเวลาก่อสร้าง ๑๗ ปี พระเจดีย์องค์ใหม่มีลักษณะเป็นเจดีย์ทรงกลม รูประฆังคว่ำแบบลังกา มีความสูงจากพื้นดินถึงยอดมงกุฎ ๓ เส้น ๑ คืบ ๑๐ นิ้ว (หรือประมาณ ๑๒๐.๕ เมตร) ฐานวัดโดยรอบได้ ๕ เส้น ๑๗ วา ๓ ศอก (หรือประมาณ ๒๓๓ เมตร) ภายในบรรจุพระบรมสารีริกธาตุไว้ ต่อมาในสมัยรัชกาลที่ ๖ ได้ทรงบูรณะวัดพระปฐมเจดีย์ให้สง่างามมากขึ้น และถือว่าวัดพระปฐมเจดีย์เป็นวัดประจำรัชกาลที่ ๖ พระปฐมเจดีย์ เปิดตั้งแต่เวลา ๐๗.๐๐-๒๐.๐๐ น. ค่าเข้าชมชาวต่างประเทศ ๔๐ บาท ประมาณเดือนพฤศจิกายนของทุกปีจะมีงานนมัสการองค์พระปฐมเจดีย์ สอบถามรายละเอียดได้ที่ สำนักงานจัดประโยชน์และรักษาองค์พระปฐมเจดีย์ โทร. ๐ ๓๔๒๔ ๒๑๔๓ และภายในวัดพระปฐมเจดีย์ยังมีสิ่งที่น่าสนใจต่างๆให้ชม เช่น
พระร่วงโรจนฤทธิ์ เป็นพระพุทธรูปยืนปางประทานอภัย ประดิษฐานในซุ้มวิหารทางทิศเหนือหน้าองค์พระปฐมเจดีย์ สร้างในสมัยรัชกาลที่ ๖ โดยได้พระเศียร พระหัตถ์ และพระบาท มาจากเมืองศรีสัชนาลัย จังหวัดสุโขทัย แล้วโปรดเกล้าฯ ให้ช่างทำรูปปั้นขี้ผึ้งปฏิสังขรณ์ให้บริบูรณ์เต็มองค์ ทำพิธีหล่อที่วัดพระเชตุพนฯ เมื่อพ.ศ. ๒๔๕๖ แล้วอัญเชิญไปประดิษฐานไว้ในซุ้มวิหาร ด้านทิศเหนือตรงกับบันไดใหญ่ และพระราชทานนามว่า “พระร่วงโรจนฤทธิ์ ศรีอินทราทิตย์ ธรรมโมภาส มหาวชิราวุธราชปูชนียบพิตร” และที่ฐานพระพุทธรูปองค์นี้ เป็นที่บรรจุพระบรมอัฐิของ พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว
พิพิธภัณฑ์วัดพระปฐมเจดีย์ ตั้งอยู่บริเวณชั้นลดด้านทิศตะวันออกตรงข้ามพระอุโบสถ ภายในเก็บวัตถุโบราณที่ขุดพบได้จากสถานที่ต่างๆ ในจังหวัดนครปฐมทั้งสมัยบ้านเชียง สมัยทวารวดี เช่น พระพุทธรูป หินบดยา ลูกประคำดินเผา กำไลข้อมือ เงินโบราณ ฯลฯ และยังเป็นที่เก็บหีบศพของย่าเหล และโต๊ะหมู่บูชาซึ่งใช้ในพิธีศพของย่าเหลซึ่งเป็นสุนัขที่รัชกาลที่ ๖ ทรงโปรดปรานมากและถูกคนลอบยิงตาย พระองค์ทรงเสียพระทัยมาก โปรดฯให้สร้างอนุสาวรีย์ไว้อาลัย พิพิธภัณฑ์เปิดให้เข้าชมทุกวัน ระหว่างเวลา ๐๘.๐๐ – ๑๖.๓๐ น. (ปิดช่วงเวลา ๑๒.๐๐–๑๓.๐๐)